Hct116 kolorektal karsinoma hücre hattında prostaglandin endoperoksit sentaz 2 (PTGS2) ve keratin19 (KRT19) gen anlatımlarının transkripsiyonel düzeyde incelenmesi

Abstract

Çalışmadaki amaç; HCT116 kolorektal kanser hücre hattında prostaglandin endoperoksit sentaz 2 (PTGS2), Keratin19 (KRT19) genlerinin transkripsiyon düzeyindeki gen anlatımlarının belirlenmesi ve karşılaştırılmasıdır. Bu çalışmada hücre kültürü teknikleri, yarı manuel kit ile RNA izolasyonu, termal döngü cihazında cDNA sentezi ve eş zamanlı kantitatif PCR yöntemleri kullanılmıştır. Kültüre edilen kolon hücre hattından total RNA izole edilip enzimatik olarak tamamlayıcı DNA’lara dönüştürülmüştür. Son olarak PTGS ve KRT19 genlerine özgü tasarlanan primerler ile eş zamanlı PCR yapılmıştır. Sonuç olarak gerçek zamanlı PCR sonuçlarının delta delta Ct hesaplaması ile HCT116 hücre hattında KRT19 gen ifadesinde 93,7 kat artış olduğu; PTGS2 gen ifadesinde ise 5,88 kat azalma olduğu saptanmıştır. PTGS2 ve KRT19 genlerinin kolorektal kanser gelişiminde rol alabileceği ve ileride yapılacak detaylı çalışmalarla prognostik öneme sahip olacağı ön görülmektedir.

The purpose of the study; HCT116 is the determination and comparison of gene expression at the level of transcription of Prostaglandin Endoperoxide Synthase 2 (PTGS2), Keratin19 (KRT19) genes in colorectal cell line. In this study, cell culture techniques, RNA isolation with semi-manual kit, cDNA synthesis in the thermal loop device and simultaneous quantitative PCR methods were used. Total RNA was isolated from the cultured colon cell line and transformed into complementary DNA enzymatically. Finally, PCR was performed simultaneously with the primers designed for PTGS2 and KRT19 genes. As a result, there was 93,7 fold increase in KRT19 gene expression in the HCT116 cell line with the delta delta Ct calculation of the real-time PCR results; PTGS2 gene expression was found to be 5,88 time less. It is predicted that PTGS2 and KRT19 genes may play a role in the development of colorectal cancer and will have prognostic significance with future studies.