Tıbbi Biyoloji ve Genetik Programı Yüksek Lisans Tez Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe H460 küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücrelerinden kanser kök hücre izolasyonu ve karakterizasyonu(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, 2022) Gunes, MerveCancer is a disease of mutated and uncontrollably cells that can occur anywhere in human body. Lung cancer is one of the most common cancer and the leading cause of death in the world and our country. According to the 2020’s data of the World Health Organization, lung cancer is the second one of the most common cancers in Turkey. At the same time, it is the first one of the most common cancer in men in Turkey. The five year survival rate is 20.5% because lung cancer metastasis very quickly and early diagnosis is difficult. Lung cancer consists two main groups as small cells lung cancer (SCLC) and non-small cell lung cancer (NSCLC). NSCLC more common than the SCLC. NSCLC is divided tree subtypes. These are adenocarcinoma, squamous cell carcinoma and large cell carcinoma. Stem cells are undifferentiated cells with unlimited division and self-renewal ability. According to the cancer biology, there are 3 options between stem cells and cancer cells relationship. One of them is that, tumors contain cancer stem cells (CSC). CSC were first documented for leukemia and multiple myeloma. After than it also observed in solid tumors. Cancer stem cells are responsible for the initiation of the tumor. CSC have negative effects on metastasis and drug resistance and its increase cancer’s incidence and mortality rate. In lung cancer, cancer stem cells are assumed to derive from more than one source. So, they should be investigated for treatment. These studies are carried out with cancer stem cells isolation and characterization. Although a universal marker for cancer stem cell isolation has not been identified, brain, hematopoietic, prostate, and colon cancer stem cells display expression of the membrane antigen CD133, which is shared by normal stem cells. CD133 positive cells show characteristics of lung cancer stem cells and thus CD133 is an important marker of lung cancer stem cells. For this reason, in this study, CD133 (+) lung cancer stem cell isolation and characterization was performed by MACS method from the H460 cell line, which is a sub-member of non-small cell lung cancer and a large cell carcinoma model.Öğe Akciğer kanserinde borik asitin apoptotik etkisinin incelenmesi(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitü, 2021) Yirmibes, Seren; Acar, MuradiyeAkciğer kanseri, dünyada en çok görülen kanser türü olup, kansere bağlı ölüm sebepleri arasında birinci sırada bulunmaktadır. Akciğer kanserine çözüm bulunması amacıyla, tedaviye yönelik çalışmalar yapılmakta, farklı ilaç ve maddelerin bu hastalık üzerindeki etkileri yoğun bir şekilde araştırılmaktadır. Apoptoz, homeostazı ve organizmanın hayatta kalmasını destekleyen önemli ve gerekli bir hücre ölüm programıdır. Ancak düzensizleştiğinde, nörodejeneratif hastalıklardan kansere kadar sayısız patolojiye yol açabilmektedir. Bu nedenle apoptoz; kanser gelişiminin inaktivasyonu için önemli bir rol oynamaktadır. Bu çalışmada, akciğer kanseri hücre dizisinde (A549) borik asit kullanımının anti-proliferatif ve apoptotik etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Hücre titrasyon testi xCELLigence yöntemi ile; hücre canlılığı SRB testi ile incelenmiştir. Borik asitin apoptotik aktivitesi biyokimyasal (AnnexinV) ve moleküler (qRT-PCR analizi) olarak değerlendirilmiştir. A549 ve BEAS-2B hücre hatlarına borik asitin farklı konsantrasyonları uygulandı. SRB testi ile borik asitin hücre proliferasyonunda %50 azalmaya neden olan inhibitör konsantrasyonu yani IC50 dozu ve 48. ve 72. saatteki sitotoksik etkisi belirlendi. IC50 değerlerine en yakın olan dozlar (10 mM, 20 mM, 50 mM) seçilerek ileri analizlere devam edildi. Belirlemiş olduğumuz borik asit dozları ile 12 ve 24 saat muamele edilen hücrelerden RNA izolasyonu ve cDNA sentezi yapıldı. CASP3, CASP8, CASP9, BCL2, BAX, BAD, FADD, CYCS genlerinin ekspresyon seviyeleri Real Time PCR ile incelendi. Sonuçlarımız borik asitin, kontrol grubu ile kıyaslandığında dozlarla orantılı olarak A549 hücre hattında hücre canlılığını baskıladığını gösterdi. Borik asit, bazı dozlarında CASP3, CASP8, CASP9, BAX, BAD, FADD ve CYCS genlerinin ekspresyon seviyelerini arttırmış olup BCL2 gen ifadesini azaltmıştır. Bu bulgu ile borik asitin ekstrinsik ve intrinsik yolağı tetikleyerek A549 kanser hücre hattını apoptoza teşvik ettiği saptanmıştır. Sonuç olarak, borik asitin A549 hücreleri üzerinde gösterdiği apoptotik ve anti-proliferatif etkileri nedeniyle akciğer kanseri tedavisinde bir anti-kanser ajan olarak potansiyel teşkil ettiği düşünülmektedir.Öğe A549 ve BEAS-2B hücre hatlarında borik asitin apoptoz yolağındaki genlerin ekspresyon düzeylerine etkisinin incelenmesi(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2021) Vidinli, Gaye Nur; Acar, MuradiyeAkciğer kanseri, dünyadaki en yaygın kanser türü olmakla beraber tüm kanser ölümlerinin bir numaralı nedeni olmaya devam etmektedir. Apoptoz, bir dizi sinyal iletim kaskadları ve hücresel proteinler tarafından düzenlenen sıkı bir şekilde programlanmış bir hücre ölümü türüdür. Apoptoz hücre popülasyonlarının homeostazını devam ettirmek için önemli bir mekanizmadır ve düzensizliği kansere yol açabilir. Apoptoz, kansere karşı en güçlü savunma mekanizmalarından biridir. Çünkü apoptoz bu süreçte zararlı olabilecek mutasyona uğramış hücreleri ortadan kaldırmaktadır. Bor elementi tıp alanında (örneğin ilaçların üretimi ve kanser tedavisi gibi) sterilizasyon uygulamalarında ve endüstriyel alanlarda (cam, seramik, metal, kozmetik gibi) kullanılmaktadır. Bor bileşikleri, neredeyse tamamen gastrointestinal ve solunum sistemleri yoluyla vücuda alınmaktadır. Yapılan deneysel çalışmalar borik asitin antikanserojen etkilerinin olabileceğini göstermektedir. Yapmış olduğumuz çalışmada borik asitin akciğer kanserindeki moleküler etkileri araştırılmıştır. Borik asitin, apoptoz yolağında görev alan genlerin ekspresyon seviyelerini nasıl etkilediği ve hücre proliferasyonu ve hücre canlılığı üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Çalışmamız kapsamında, xCELLigence sistemi kullanılarak, hücre titrasyon analizleri, hücre proliferasyonundaki farklılıklar ve borik asit muamelesi sonrası hücrenin sitotoksik aktivitesi belirlendi. İlk olarak hücre titrasyon analizi yapıldı ve borik asit muamelesi için doğru hücre sayısı belirlendi. Daha sonra belirlemiş olduğumuz hücre sayılarına göre ekim yapıldı ve farklı konsantrasyonlarda borik asit ile muamele edildi. xCELLigence sistemiyle 24. ve 48. saatteki borik asitin sitotoksik aktivitesi ve proliferasyon etkisi değerlendirilerek inhibitör konsantrasyonu (IC50) belirlendi. IC50 değerine göre belirlemiş olduğumuz borik asit konsantrasyonları ile muamele edilmiş hücrelerden RNA izolasyonu ve sonrasında cDNA sentezi gerçekleştirildi. Apoptotik yolakta rol alan seçmiş olduğumuz genlerin ekspresyon seviyeleri Real Time PCR ile belirlendi. Araştırmanın sonuçlarına göre, A549 akciğer kanseri hücre hattındaki borik asitin farklı konsantrasyonları, apoptozun intrinsik ve ekstrinsik yolağında etkili olan genler üzerindeki ekspresyon seviyelerinde değişikliğe neden olduğu gözlendi. Elde ettiğimiz sonuçlardan yola çıkarak borik asitin akciğer kanserindeki apoptoz mekanizmasıyla ilişkili olabileceği sonucuna varılmıştır.Öğe H1299 metastatik ve A549 metastatik olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanser hücrelerinde ve beas- 2B normal akciğer epitel hücrelerinde, transmembran serin proteaz 4 (TMPRSS4) ve kalretikulin (CALR) genlerinin ifade düzeylerinin karşılaştırılması(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Sari Cagilci, BusraBu araştırmanın amacı, BEAS 2B normal akciğer epitel hücrelerinde, H1299 metastatik ve A549 metastatik olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanser hücrelerinde, TMPRSS4 ve CALR genlerinin transkripsiyon aşamasındaki gen ifadelerinin karşılaştırılarak genlerin metastatik biyobelirteç olma potansiyellerinin incelenmesidir. Araştırmanın amacı kapsamında BEAS 2B normal akciğer epitel hücre hatlarından ve H1299 metastatik ve A549 metastatik olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanser hücrelerinden genomik DNA elde edilerek total RNA izolasyonu ve komplomenter DNA (cDNA) sentezi gerçekleştirilmiştir. İlgili primerler kullanılarak, CALR ve TMPRSS4 genlerinin transkripsiyonel seviyede ifade düzeyleri eş-zamanlı PCR metodu ile kantitatif belirlenmiştir. Araştırmada elde edilen eş zamanlı PCR sonuçlarının hesaplanması Delta delta Ct ile yapılmıştır. Araştırmada qPCR analizlerinden elde edilen sonuçlara göre; H1299 metastatik küçük hücreli dışı akciğer kanseri hücre hattında BEAS-2B kontrol hücre hattına göre, ??Ct hesaplaması ile TMPRSS4 geninin ifadesinde 1.56 kat azalış, CALR geninin ifadesinde ise 88,64 kat artış saptanmıştır. Değerlendirilen diğer hücre hattı metastatik olmayan A549 küçük hücreli dışı akciğer kanser hücre hattında ise aynı TMPRSS4 geninin ifadesinde 28 kat artış gözlemlenirken, CALR geninin ifadesinde 5.20 kat artış saptanmıştır. Yaptığımız çalışmada, TMPRSS4 ifade seviyesinin metastatik akciğer kanseri hücre hattında azaldığı, metastatik olmayan A549 akciğer kanseri hücre hattında ise arttığı belirlenmiştir. Bu sonucumuz TMPRSS4 geninin, metaztas gelşiminden çok, akciğer kanseri oluşumunda rol oynayabileceği düşüncesini desteklemektedir. CALR gen ifadesi ise araştırılan her iki hücre hattında artmış bulunmuştur. Özellikle bu artış metastatic özelikte olan H1299 hücre hattında yüksek bulunmuştur. Buradan hareketle CALR geminin akciğer kanser hücrelerinde metaztaz gelişiminde rol alabileceği ve ileri araştırmaların yapılması gerektiği öne sürülebilir.Öğe Prostat kanseri hücre dizisinde prostaglandin endopreoksit sentaz-2, transmembran serin proteaz-4 ve mage ailesi A3 üyesi genlerinin transkripsiyon aşamasındaki gen anlatımlarının karşılaştırılmalı olarak incelenmesi(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Aynaci, CerenBu çalışmadaki amaç; PC3 Prostat kanseri hücre dizisinde Prostaglandin Endoperoksit Sentaz-2 (PTGS2), Transmembran Serin Proteaz-4 (TMPRSS4) ve MAGE Ailesi A3 Üyesi (MAGE-A3) genlerinin transkripsiyon düzeyindeki gen anlatımlarının karşılaştırmalı olarak incelenmesidir. Odaklanılan nokta, sağlıklı duruma göre kanserdeki değişimi aydınlatmaktır. Çalışmada biyogüvenlik kabininde geleneksel hücre kültürü teknikleri, yarı manuel kit ile RNA izolasyonu, termal döngü cihazında sırasıyla cDNA sentezi ve eş zamanlı kantitatif PCR yöntemleri uygulanmıştır. Kültürlenen kanserli hücre hatları hasat edilerek total RNA’ları ayrıştırılıp enzimatik olarak tamamlayıcı DNA’lara dönüştürülmüştür. PTGS2, TMPRSS4 ve MAGE-A3 genlerine özel olarak tasarlanmış olan primerler yardımıyla eş zamanlı PCR uygulanmıştır. Çalışmanın sonuçlarında 3 kez tekrarlı eş zamanlı PCR sonuçlarının delta delta Ct hesaplaması ile PC3 Prostat kanseri hücre hattına kıyasla PTGS2 geninin anlatımında 50 kat azalış; TMPRSS4 geninin anlatımında 0,47 kat; MAGE-A3 geninin ifadesinde ise 0,16 kat artış saptanmıştır. Bu üç genin kanserde hücre bölünmesi, apoptoz direnci, invazyon, anjiyogenez gibi olaylarda rol alabildiği bilinmektedir. Bu çalışma sonucunda, bu üç genin sinyal yolağında ortak bir etkisi olduğu ve bu üç gen için protein düzeyinde araştırma yapmanın faydalı olabileceği düşünülmektedir.Öğe Çocuk akut lösemi hastalarında panel halinde mutasyon taraması ve notch sinyal yolağı ile ilişkisinin araştırılması(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Qipa, EgzonaBu çalı?mada akut lenfoblastik lösemi tanısı almı? 52 pediatrik olgunun kemik iliği örneklerinde, RUNX1, IDH2, İL2RA genlerindeki olası mutasyonlar sanger dizileme yöntemi ile ara?tırılmı?tır. Yapılan çalı?ma sonucunda, RUNX1 geninde amino asit deği?imine L148Q (p.Leu175Gln) neden olan c.524T>A mutasyonu saptandı. IL2RA geninde, intronik bölgede yer alan c.367+12A>T, c.367+7G>C, varyasyonlar tespit edildi. Akut Lösemi ve Notch sinyal yolağında rol alan genlerin kar?ıla?tırmalı olarak ara?tırılması, sinyal yolağının fonksiyonunun daha iyi anla?ılması, akut lösemilerde, hastalığın terapötik müdahalesi için çok sayıda yol sağlayabilir. Çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemilerde görülen genetik anomalilerin hastaların prognozunu belirlemede önemli bir faktör olduğu için, ALL geli?imindeki mekanizmaların, sinyal yolakları üyeleri ile birlikte incelenmesi, bundan sonraki deneylerde prognoz tespiti açısından gelecek çalı?malara da rehber olabilir.Öğe Mdamb-231 meme kanseri hücre dizisinde prostaglandin endoperoksid H sentaz 2 (PTGS2), kalretikulin (CALR) ve keratin-19 (KRT19) genlerinin transkripsiyon aşamasında anlatımlarının araştırılması(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Kaya, DuyguÇalışmadaki amaç, bir meme kanseri hücre dizisi olan MDAMB-231’de prostaglandin endoperoksid h sentaz 2 (ptgs2), kalretikulin (calr) ve keratin-19 (krt19) genlerinin transkripsiyon düzeyindeki gen anlatımlarının belirlenmesi ve karşılaştırılmasıdır. Bu çalışmada hücre kültürü teknikleri, yarı manuel kit ile RNA izolasyonu, termal döngü cihazında cDNA sentezi ve eş zamanlı kantitatif PCR yöntemleri kullanılmıştır. Kültürlenen meme hücre hatlarından total RNA’lar ayrıştırılıp enzimatik olarak tamamlayıcı DNA’lara dönüştürülmüştür. PTGS2, CALR ve KRT19 genlerine özgü tasarlanmış olan primerler ile eş zamanlı PCR yapılmıştır. Sonuç olarak 3 kez tekrarlı eş zamanlı PCR sonuçlarının delta delta Ct hesaplaması ile MDAMB-231 hücre hattında PTGS2 gen ifadesinde 14,92 kat; CALR gen ifadesinde 1,45 kat; KRT19 geninin ifadesinde ise 6,72 kat artış olduğu saptanmıştır. Bu üç genin farklı kanserlerde, apoptoz direnci, metastatik dağılımlar, anjiyogenez gibi biyolojik süreçlerde rol alabildiği tespit edilmiştir.KRT19, CALR, PTGS2 genlerinin meme kanseri gelişiminde rol aldığı ve ileride yapılacak detaylı çalışmalarla prognostik öneme sahip olacağı ön görülmektedir.Öğe Hct116 kolorektal karsinoma hücre hattında prostaglandin endoperoksit sentaz 2 (PTGS2) ve keratin19 (KRT19) gen anlatımlarının transkripsiyonel düzeyde incelenmesi(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Cinar, ElifÇalışmadaki amaç; HCT116 kolorektal kanser hücre hattında prostaglandin endoperoksit sentaz 2 (PTGS2), Keratin19 (KRT19) genlerinin transkripsiyon düzeyindeki gen anlatımlarının belirlenmesi ve karşılaştırılmasıdır. Bu çalışmada hücre kültürü teknikleri, yarı manuel kit ile RNA izolasyonu, termal döngü cihazında cDNA sentezi ve eş zamanlı kantitatif PCR yöntemleri kullanılmıştır. Kültüre edilen kolon hücre hattından total RNA izole edilip enzimatik olarak tamamlayıcı DNA’lara dönüştürülmüştür. Son olarak PTGS ve KRT19 genlerine özgü tasarlanan primerler ile eş zamanlı PCR yapılmıştır. Sonuç olarak gerçek zamanlı PCR sonuçlarının delta delta Ct hesaplaması ile HCT116 hücre hattında KRT19 gen ifadesinde 93,7 kat artış olduğu; PTGS2 gen ifadesinde ise 5,88 kat azalma olduğu saptanmıştır. PTGS2 ve KRT19 genlerinin kolorektal kanser gelişiminde rol alabileceği ve ileride yapılacak detaylı çalışmalarla prognostik öneme sahip olacağı ön görülmektedir.Öğe MDA-MB-231 meme kanser hücre dizisinde transmembran serin proteaz 4 (tmprss4) ve mage aile üyesi A3 (MAGE-A3) genlerinin transkripsiyon aşamasında anlatımlarının araştırılması(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Kotan, HacerBu çalışmada amacımız; kanserleşmeye etki ettiği bilinen MDA-MB-231 agresif meme hücre hattında TMPRSS4 ve MAGE-A3 genlerinin ACTB genine göre transkripsiyon düzeyinde anlatımlarının araştırılmasıdır. Çalışmada hücre kültürü teknikleri, yarı manuel kit ile total RNA izolasyonu, cDNA sentezi, eş zamanlı kantitatif PCR yöntemleri uygulanmıştır. TMPRSS4 ve MAGE-A3 genlerine özel olarak tasarlanmış olan primerler aracılığıyla eş zamanlı PCR yapılmıştır. Referans olarak ACTB geni kullanılmıştır. Çalışmanın sonuçlarında eş zamanlı PCR sonuçlarının Delta Ct hesaplaması yapıldı. TMPRSS4 geninde 1,21 kat azalma, MAGE-A3 geninde 12,46 kat artış gözlendi. TMPRSS4 ve MAGE-A3’ün kanser gelişiminde, tümör oluşumu, çoğalması ve metastazında rol aldığı düşünülmektedir. TMPRSS4 ve MAGEA3’ ün meme kanseri üzerindeki etkisini daha iyi anlayabilmek için daha fazla araştırma yapılmasına ihtiyaç vardır.Öğe A549 akciğer epitelyal karsinoma hücre dizisinde ve BEAS-2B akciğer bronş epitelyal normal hücre dizisinde prostaglandin endoperoksit sentaz-2, kalretikulin ve mage ailesi A3 üyesi genlerinin transkripsiyon aşamasındaki gen anlatımlarının karşılaştırmalı olarak incelenmesi(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Kose, BusraBu çalışmadaki amaç; akciğer adenokarsinomunu modelleyen A549 hücre dizisinde ve sağlıklı bronş epiteli BEAS-2B hücre dizisinde PTGS2, CALR ve MAGE-A3 genlerinin transkripsiyon düzeyindeki gen anlatımlarının karşılaştırmalı olarak incelenmesidir. Odaklanılan nokta, sağlıklı duruma göre kanserdeki değişimi aydınlatmaktır. Çalışmada biyogüvenlik kabininde geleneksel hücre kültürü teknikleri, yarı manuel kit ile RNA izolasyonu, termal döngü cihazında sırasıyla cDNA sentezi ve eş zamanlı kantitatif PCR yöntemleri uygulanmıştır. Kültürlenen kanserli ve sağlıklı akciğer hücre hatları hasat edilerek total RNA'ları ayrıştırılıp enzimatik olarak tamamlayıcı DNA'lara dönüştürülmüştür. PTGS2, CALR ve MAGE-A3 genlerine özel olaraktasarlanmış olan primerler yardımıyla eş zamanlı PCR uygulanmıştır. Çalışmanın sonuçlarında 3 kez tekrarlı eş zamanlı PCR sonuçlarının delta delta Ct hesaplaması ile A549 hücre hattında BEAS-2B hücre hattına kıyasla PTGS2 geninin anlatımında 229,13 kat; CALR geninin anlatımında 4,03 kat; MAGE-A3 geninin ifadesinde ise 3,41 kat artışsaptanmıştır. Bu üç genin kanserde hücre bölünmesi, apoptoz direnci, invazyon, anjiyogenez gibi olaylarda rol alabildiği bilinmektedir. Bu çalışma sonucunda, bu üç genin NF-?B sinyal yolağında ortak bir etkisi olduğu ve bu üç gen için protein düzeyinde araştırma yapmanın faydalı olabileceği düşünülmektedir.Öğe HCT116 kolorektal karsinoma hücre hattı ve BEAS-2B bronşiyal epitel normal hücre hattında TMPRSS4, calr, magea3 gen anlatımlarının transkripsiyonel düzeyde incelenmesi(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Sezgin, Huma TugceKanser oluşumunda anlatım düzeyleri değişen genleri saptamak oldukça önemli bir konudur. Belirli gen anlatımlarının değişmesi, hücreyi normal siklusundan çıkarmakta, fonksiyonunu kaybettirmekte ve hücrenin kaderini tamamen değiştirmektedir. Bu çalışmada karsinogenezi direkt ya da dolaylı yoldan tetiklediği düşünülen TMPRSS4, CALR ve MAGEA3 genlerinin ifade düzeyleri transkripsiyonel düzeyde incelenmiştir. Bu bağlamda HCT116 kolorektal karsinoma hücre hattından ve BEAS-2B sağlıklı bronşiyal epitel hücre hattından total RNA izolasyonu yapılarak kantitatif PCR gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlarda, TMPRSS4 geninin ifadesinde 564,17 kat; CALR geninde 1,75 kat; MAGEA3 geninde 15,75 kat artış saptanmıştır. Bu üç genin de karsinogenezde farklı sinyal yolaklarıyle ilişkili olduğu bilinmektedir. Bu yüzden fonksiyonel düzeyde ileri araştırmaların yapılmasının kanser oluşum mekanizmasını anlamaya ve yeni tedavi yaklaşımlarına bulunulmasında önemli katkılarının olacağı düşünülmektedirÖğe SU.86.86 metastatik ve bxpc-3 metastatik olmayan pankreas kanser hücre hatlarında keratin 19 (krt19) ve transmembran serin proteaz 4 (tmprss4) genlerinin ifade düzeylerinin karşılaştırılması(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Yavuzarslan, SedaÇalışmadaki amaç; Bu tez çalışmasında metastatik pankreas kanser hücre hattı SU.86.86 ile metastatik olmayan pankreas kanser hücre hattı BxPC3 hücrelerinde Keratin 19 (KRT 19) ve transmembran serin proteaz 4 (TMPRSS4) genlerinin ifade düzeyleri, transkripsiyonel aşamada belirlenecek ve olası farklılıklar ortaya çıkarılacaktır. Buradan bu iki genin pankreas kanserinde metastatik biyobelirteç olabilme kapasiteleri değerlendirilecektir. Araştırmanın amacı doğrultusunda hücre kültürü teknikleri, RNA izolasyonu, cDNA sentezi ve real time PCR yöntemleri kullanılmıştır. Pankreas hücre hatları kültüre edildikten sonra total RNA izolasyonu yapılıp komplementer DNA’lara dönüştürülmüştür. Kontrol grubu olarak insan bronşiyal epitel hücre hattı BEAS-2B kullanılmıştır. KRT19 ve TMPRSS4 genlerine özgü primerler tasarlanarak real time PCR yapılmıştır. Araştırmada elde edilen gerçek zamanlı PCR sonuçlarının ??Ct hesaplaması sonucunda SU8686 hücre hattında BEAS-2B kontrol hücre hattına göre, TMPRSS4 geninin ifadesinde 1,31 kat azalış olduğu; KRT19 geninin ifadesinde ise 1234 kat artış olduğu saptanmıştır. Değerlendirilen diğer hücre hattı olan BxPC3 hücre hattında yapılan gerçek zamanlı PCR sonuçlarının ??Ct hesaplaması sonucunda BEAS-2B kontrol hücre hattına göre, TMPRSS4 geninin ifadesinde 2,38 kat azalış, KRT19 geninin ifadesinde 183 kat artış saptanmıştır.Öğe İyi üretim uygulamaları standartlarında üretilmiş göbek kordonu kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin ilerleyen alt kültürlerindeki değişikliklerin çeşitli parametrelerle karşılaştırmalı olarak incelenmesi(İstinye Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, 2020) Sonmez, Hazal BerivanBu çalışmadaki amaç; Klinik uygulamalar için İyi Üretim Uygulamaları Standartlarında (Good Manufacturing Practice-GMP) üretilmiş Göbek Kordonu kaynaklı Mezenkimal Kök Hücrelerin farklı alt kültürlerinde karakteristik özellikleri incelenerek klinik kullanımda en uygun alt kültürü bulmaktır. Çalışmada İyi Üretim Uygulamaları laboratuvarında biyogüvenlik kabininde geleneksel hücre kültürü teknikleri ile Mezenkimal Kök Hücrelerin farklı alt kültürleri (P2, P4 ve P6) çoğaltılmıştır. Bu alt kültürlerin, flow sitometri yöntemi ile yüzey belirteçleri, apoptoz durumları, hücre döngüsü durumları, yarı manuel kit ile RNA izolasyonu yapılarak, termal döngü cihazında sırasıyla cDNA sentezi ve eş zamanlı kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemleriyle pluripotensi genleri, Eliza yöntemi ile telomer boyları, Karyotipleme yapılarak kromozom durumları karşılaştırılmıştır. Çalışmanın sonuçlarında Göbek kordonunun Wharton jeli bölgesinden elde edilen mezenkimal kök hücrelerin klinik uygulamalar için kullanılmasında karşılaştırılan pasajlar (P2, P4, P6) arasında en uygunun P4 olduğu görülmüştür.
